RTMP Dump というツールで、ニコ生の RTMP ストリームを FLV ファイルで保存できるようです。
 RTMP Dump 自体は、ニコ生専用のツールではなく、rtmp, rtmpt, rtmpe, rtmpte, rtmps に対応した汎用的なツールみたいです。

元々は、radiko.jp 用の録音ツールとして使い方を調べていたのですが、こちらのページへを見たところ、ニコ生でも使えるようだったので、試してみました。
(追記2010/07/04: このパラメータではダメになっているようです)

［パラメータ作成ツール］

とりあえず、RTMP 関連のデータを getplayerstatus API で取得し、rtmpdump のパラメータを作成するツールを作ってみました。
※パラメータについては、まだ、よく分かっていないものがあります。

［RTMP Dumpを実行］

実行したところ、一応、FLV ファイルは保存されるのですが、Flash プレイヤーによっては再生できないものがあるようでした。
VLC media player と自作の FLV Player では再生できたのですが、GOM Player では、映像のみで音が出ませんでした。
確認していないのですが、他のツールで変換すれば、再生できるようになるようです。
それと、rtmpdump では、コメントは取得できないため、別途取得する必要があります。